CRISPR Cas9是目前最強大的基因編輯工具，但不代表它是無敵、沒有缺點的工具。
現況而言，CRISPR能夠很輕易地做到基因剔除（gene knockout），去除一個基因或是讓一個細胞缺少產生某個蛋白質的能力。
而相對而言，較難達到的是基因敲入（gene knockin），將一個新的基因加入原本的序列當中，讓新的資訊提供新的指示給細胞。
現階段CRISPR仍有一些更大的問題需要解決
1.CRISPR無法保證必定能正確編輯目標基因位置，仍然可能出現錯誤編輯的狀況，需要篩選和驗證編輯完的成品。
2.基因編輯執行前，要先將CRISPR系統的分子準確送到所需要進行編輯的細胞中，所選用的傳遞工具就相當重要。
3.目前所使用的工具包括電擊（electroporation）、反轉錄病毒（retrovirus）、微脂粒（liposome）或奈米粒子等，增加傳遞效能才有可能成功編輯，因此也是關鍵的影響因子。
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